À l'origine, une seule espèce, le buffle d'Afrique, était reconnue, avec au moins 30 sous-espèces attribuées par divers scientifiques, mais peu d'entre elles étaient généralement reconnues. En accord, trois à cinq formes peuvent être distinguées relativement clairement, qui étaient considérées comme des sous-espèces indépendantes d'une espèce. Colin Peter Groves et Peter Grubb ont révisé les bovidés en 2011 et ont élevé quatre des cinq sous-espèces au statut d'espèce. La cinquième communément acceptée, Syncerus caffer aequinoctialis, est morphométriquement et historiquement identique au buffle des savanes. Cependant, ce classement est encore loin de faire l'unanimité.
Le genre Syncerus a été scientifiquement introduit en 1847 par Brian Houghton Hodgson . Il a ainsi séparé les buffles d'Afrique des formes asiatiques du genre Bubalus. Il considérait les bases de cornes étroitement espacées des représentants africains comme un trait distinctif des buffles asiatiques. Auparavant, les buffles d'Afrique étaient souvent répertoriés dans le genre Bubalus. Hodgson a désigné le buffle des savanes (Syncerus brachyceros) comme espèce type.
Avec le genre Pelorovis, jusque vers 2000 avant JC, une autre grande espèce de buffle existait en Afrique vers 400 avant JC. Ce "buffle géant" était répandu au nord du Sahara, du Maroc à la Libye, et au Pléistocène, il vivait également au sud du Sahara. Il possédait d'énormes cornes d'une envergure de près de 3 m. La chasse par les humains pourrait avoir été la cause de l'extinction de cette espèce.
ESPÈCES ET SOUS-ESPÈCES
Selon la classification actuelle de l'ITIS, le genre Syncerus compte une seule espèce et cinq sous-espèces :