L'origine du genre est obscure et les découvertes de fossiles ne sont connues qu'au Pléistocène. Ils ressemblent déjà beaucoup aux espèces actuelles. Lors de sa première description, le saïga était classé comme une espèce ressemblant à une chèvre, puis comme une espèce semblable à une gazelle. Pour contourner le problème, une sous-famille des Pantholopinae est parfois formée pour le saïga et la tout aussi controversée antilope du Tibet. Cependant, de nouvelles études de génétique moléculaire laissent supposer que la classification du saïga parmi les gazelles est correcte et que l'antilope du Tibet, en revanche, appartient aux Caprinae.
La forme mongole du saïga a été initialement décrite comme une espèce distincte, mais est maintenant généralement considérée comme une sous-espèce (Saiga tatarica mongolica). Entre-temps, il était en partie considéré comme une sous-espèce de Saiga borealis, qui est habituellement utilisée pour décrire une forme de saïgas de la période glaciaire. Les études génétiques peuvent clairement séparer le saïga et le saïga mongol l'un de l'autre, mais ne montrent qu'une petite distance génétique, ce qui, de l'avis des auteurs, suggère que le saïga mongol ne représente en réalité qu'un sous-espèce. Les deux formes peuvent être facilement distinguées sur la base de données morphologiques. Cela affecte particulièrement la conception des cornes : par rapport au saïga, le saïga de Mongolie a des cornes courtes et plus fines, sans nervures clairement prononcées. Une révision des bovidés de 2011 les considère donc à nouveau comme des espèces indépendantes.