Traditionnellement, la civette malgache était classée dans la sous-famille des Hemigalinae parmi les viverridés. Cependant, selon des études génétiques récentes, il est intégré à un groupe nouvellement constitué, les carnivores malgaches (Eupleridae). Ces études ont montré que tous les prédateurs de Madagascar, auparavant classés en différentes familles, descendaient d'un ancêtre commun ressemblant à la mangouste qui a probablement traversé le détroit du Mozambique à la fin de l'Oligocène ou au début du Miocène (il y a environ 24 à 18 millions d'années). Les plus proches parents de la civette malgache sont les euplères de Goudot et les fossas, avec lesquels il forme la sous-famille des Euplerinae.
Le nom scientifique du genre la civette malgache, Fossa, prête parfois à confusion avec le fossa, un autre prédateur malgache. La confusion initiale est probablement à l'origine de ce nom, qui ne peut être modifié en raison des règles de la Commission internationale de nomenclature zoologique (ICZN).