Depuis sa description, Hydrochoerus isthmius était considéré comme une petite sous-espèce de Hydrochoerus hydrochaeris, donc pendant des décennies, il a été traité comme tel. Cependant, en 1991, après une analyse génétique et morphologique, il a été élevé au statut d'espèce à part entière. Le poids est bien inférieur soit environ 28 kg contre 50 kg en moyenne chez Hydrochoerus hydrochaeris (avec des fourchettes de 35 à 65 kg). Hydrochoerus isthmius est plus petit que Hydrochoerus hydrochaeris dans toutes les mesures externes et crâniennes, mais possède des os frontaux plus épais et plus larges, des os ptérygoïdes plus courts et plus épais et un diastème allongé.
Les résultats moléculaires ont toujours suggéré qu'Hydrochoerus est le plus étroitement lié à Kerodon, et que les deux ont évolué à partir des Caviidae. Cela a conduit Woods et Kilpatrick à unir les deux dans la sous-famille des Hydrochoerinae au sein des Caviidae. Basé sur l'utilisation d'une approche d'horloge moléculaire, Hydrochoerus semble avoir divergé de Kerodon à la fin du Miocène moyen (il y a environ 12 millions d'années).
LISTE DES ESPÈCES
Selon la classification actuelle, l'ITIS et Mammal Species of the World reconnaissent deux espèces distinctes formant le genre Hydrochoerus. À cela se rajoute encore quatre espèces fossiles aujourd'hui disparues :