Le cabiaï de Panama se rencontre depuis le Panama jusqu'à l'ouest de la Colombie ainsi qu'à l'ouest du Venezuela. L'espèce se trouve uniquement dans les habitats se trouvant à proximité de l'eau, notamment les marais, les estuaires et le long des rivières et des ruisseaux. Selon l'habitat et la pression de la chasse, on le rencontre seul ou en groupe. Il est diurne ou nocturne selon les saisons ou selon les pressions de chasse. Au Venezuela, il se reproduit tout au long de l'année, généralement avec un cycle de reproduction unique. La gestation dure jusqu'à 120 jours, après laquelle naissent une moyenne de 3,5 jeunes.
Les principales menaces pesant sur le cabiaï de Panama sont la déforestation et l'agriculture extensive. La chasse pour sa viande est également une menace dans toute son aire de répartition. L'habitat de cette espèce est rapidement détruit en Colombie, où de nombreux marais sont drainés à l'embouchure de la rivière Magdalena. Auparavant considéré comme une simple sous-espèce du capybara, les deux espèces peuvent néanmoins s'hybrider, ce qui pourrait compromettre leurs survies respectives à long terme.
Bien que le cabiaï de Panama soit assez commun dans les zones protégées du Panama, il reste rare au Venezuela et son statut de population est inconnu en Colombie. Il est actuellement inscrit dans la catégorie Données insuffisantes (DD) sur la Liste rouge de l'IUCN.