Le manul a conservé le genre monotypiqueOtocolobus et a été placé dans la lignée du genre Felis. O'Brien et Johnson (2007) ont estimé qu'Otocolobus manul a divergé d'un ancêtre de Felis il y a environ 5,9 millions d'années. Il n'y a pas eu d'études moléculaires ou morphologiques récentes sur l'espèce, et deux sous-espèces ont été suggérée provisoirement, en grande partie sur la base de la variation de la coloration du pelage.
- Otocolobus manul manul (Pallas, 1776) en Asie du Sud-Ouest et centrale
- Otocolobus manul nigripectus (Hodgson, 1842) dans l'Himalaya