L'oryctérope n'est pas étroitement apparenté au cochon, il est plutôt le seul représentant existant de l'obscur ordre de mammifèresTubulidentata, dans lequel il est généralement considéré comme formant une espèce variable du genre Orycteropus, le seul genre survivant de la famille Orycteropodidae. L'oryctérope n'est pas étroitement apparenté au fourmilier sud-américain, bien qu'il partage certaines caractéristiques et une ressemblance superficielle. Les similitudes sont le résultat d'une évolution convergente. Les plus proches parents vivants de l'oryctérope sont les musaraignes-éléphants, les tenrecidae et les Chrysochloridae. Avec les siréniens, les damans, les éléphants, et leurs parents éteints, ces animaux forment le superordre Afrotheria. Des études du cerveau ont montré des similitudes avec Condylarthra.