La classification de l'hydrontin au moyen de l'analyse morphologique des restes a toujours été problématique en raison de la rareté et de la fragmentation des vestiges, car cette espèce présente une mosaïque de caractères attribuable à différents équidés actuels. Cependant, l'extraction de l'ADN mitochondrial à partir d'échantillons prélevés en Crimée et en Iran et son analyse ultérieure a démontré sa proximité génétique avec l'hémione.
ÉVOLUTION
Certains auteurs le considèrent comme un descendant direct d'Equus altidens, bien que ce ne soit pas prouvé. L'hydrontin est apparu il y a environ 350 000 années dans le Pléistocène moyen. On le trouvait dans divers pays européens comme l'Espagne, la France, l'Allemagne, la Grande-Bretagne, l'Autriche, la Crimée, la Turquie, ainsi qu'en Azerbaïdjan, au Kazakhstan, en Iran, et même en Afrique du Nord (Libye et probablement la Tunisie) au Pléistocène supérieur. C'était une espèce propre des climats tempérés, qui pendant les glaciations s'est réfugiée dans le sud de l'Europe, s'étendant vers le nord dans les périodes interglaciaires. Au cours de l'Holocène, ses populations étaient fragmentées, probablement en raison des changements écologiques qui ont suivi la dernière glaciation et de la chasse par l'homme. Les derniers vestiges de l'espèce datent de l'Âge du fer.