Dans le monde animal, un groupe est dit paraphylétique quand il ne rassemble pas tous les descendants d'une espèce souche. Contrairement à la polyphylie, le groupe paraphylétique est fondé sur une similitude héritée d'un ancêtre commun.
Le groupe des reptiles en est un exemple : les crocodiliens sont généalogiquement plus proches des oiseaux (Aves) que des autres sauropsides (chéloniens, squamates et sphénodontiens). Cependant les crocodiliens sont inclus dans les reptiles avec les autres sauropsides cités, alors que les oiseaux en sont exclus. L'ancêtre commun le plus proche à tous les reptiles est également l'ancêtre commun le plus proche des oiseaux et des reptiles. Les reptiles ainsi définis sont donc paraphylétiques.