Le lapin pygmée a été décrit pour la première fois par Clinton Hart Merriam en 1891, sous le nom de Lepus idahoensis. Le spécimen type, en pelage d'hiver, avait été collecté dans la vallée de Pahsimeroi l'automne précédent. En 1900, Gerrit S. Miller, Jr. a érigé le nouveau sous-genre Brachylagus pour le lapin pygmée. Brachylagus a depuis été élevé au rang de genre. Historiquement, le lapin pygmée a également été placé dans les genres Microlagus et Sylvilagus.