Bien que l'appartenance du fossa avec la famille des viverridés soit encore aujourd’hui discuté (certains pensent qu’il s’apparenterait également aux félins), l’ITIS l’a définitivement classé parmi les eupléridés, famille regroupant les carnivores endémiques de l'île de Madagascar.
Autrefois considéré comme monotypique, le genre Cryptoprocta compte aujourd'hui deux espèces reconnues dont une fossile. Les deux espèces connues ont été différenciées en 1935. Jusqu'alors, on croyait qu'il s'agissait des mêmes, mais une variété était plus grande (Cryptoprocta spelea). Même aujourd'hui, des rapports font état d'observations de fossas géants, mais elles n'ont pas été scientifiquement vérifiées, bien que Goodman reconnaisse qu'il pourrait y en avoir.